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A l'époque romaine, Thonon-les-Bains était un bourg déjà très urbanisé ayant un rôle d'important marché régional et local, connaissant également une activité artisanale développée. Autour de ce centre se développèrent d'importants domaines qui devinrent au XIIIème siècle les paroisses de Concise, de Vongy et de Tully.
Au cours du XVIIème siècle, la ville se restructura et engloba dans la même communauté ces hameaux extra-muros et leurs chapelles.
Tout en essayant de préserver les édifices anciens, le XXème siècle a enrichi la ville en matière d'édifices cultuels.
L'église Saint Hippolyte et la Basilique Saint François de Sales
Une église paroissiale placée sous le patronage de Saint Hippolyte fut construite entre 1010 et 1050, vers 1138 un bâtiment de style roman lui succéda. Cette église était aussi celle d'un prieuré bénédictin dépendant de Saint Jean de Genève, le bâtiment fut fortement remanié fin XIVème - XVème siècle dans le style gothique de l'époque.
La crypte formée de trois petites nefs couvertes de voûtes en berceau qui reposent sur des consoles en tuf posées sur des chapiteaux de dix colonnes et de quatre pilastres est le seul vestige subsistant de cette ancienne l'église romane.
Avec l'invasion bernoise de 1536 Saint Hippolyte devint un temple protestant, c'est Saint François de Sales qui en 1596 y restaura le culte catholique.
Des travaux de remaniement furent menés au XVIIème siècle par les Préfets de la Sainte Maison Louis Gilette et Joseph Marie Rossillon de Bernex. L'église primitive fut intégrée dans une nouvelle construction : furent ajoutés le chœur et l'avant chœur, le collatéral sud puis le collatéral nord, ce programme s'acheva par le remaniement de la façade transformant ainsi l'église en bâtiment de style baroque.
Si la façade est sobre, ce qui frappe lorsque l'on pénètre dans l'église, c'est l'exubérance décorative de la voûte, de l'arc triomphale et de l'abside. En effet Saint Hippolyte offre l'exemple unique en Savoie d'un décor abondamment stuqué "à l'italienne".
C'est l'abbé Rossillon de Bernex, frère de l'évêque de Genève qui fit exécuter ces décors par les stucateurs Jean François Silva et B. Pandolph.
Sur les murs latéraux de la nef, une série de fresques développe le thème du credo tandis que dans le chœur elles sont consacrées à sept épisodes de la vie du Christ.
En 1992 une restauration a été engagée avec le concours de la Direction Régionales des Affaires Culturelles (D.R.A.C.). Après les enduits de façade et une 1ère phase de restauration des décors du chœur et de l'avant chœur, les travaux menés pour la 2ème tranche de restauration des décors de la nef et de la crypte ont permis la mise à jour d'éléments rares, notamment des médaillons de peintures et des stucs rehaussés à la mine de plomb, que les restaurateurs datent de la fin du XVIème siècle, et qui serait les peintures d'origine.
Le développement de la ville rendit Saint Hippolyte beaucoup trop petite pour recevoir tous les fidèles, au XIXème siècle. Plusieurs projet d'agrandissement et de modification virent le jour, avec pour but de donner à Thonon un édifice beaucoup plus prestigieux.
Ces projets n'aboutirent pas et en 1885 fut décidé la construction d'une imposante cathédrale néogothique à deux clochers prévoyant la démolition de l'église Saint Hippolyte et du presbytère.
La première pierre fut posée en 1889 mais les ennuis financiers firent échouer le projet, seul le presbytère fut démoli.
Les travaux de construction de cette nouvelle église furent stoppés et le bâtiment, non achevé, fut loué et servit d'entrepôt ou d'atelier à différents commerçants et artisans de la ville. Durant la 1ère Guerre mondiale il fut occupé par les services du ravitaillement des armées.
Une partie de la population thononaise s'éleva contre la destruction de l'ancienne église et ce mouvement de protestation abouti en 1909 à son classement au titre des monuments historiques.
Les travaux reprirent vers 1921 sous l'impulsion du prêtre thononais J. Chaumont. La nouvelle église qui ne comportait plus qu'un seul clocher fut accolé à l'ancienne.
La nouvelle basilique fut consacrée en 1930 par Monseigneur de la Villerabelle évêque d'Annecy.
La décoration intérieure date des années 1940 en particulier deux scènes de la passion et le chemin de croix signés par Maurice Denis, chef de file de l'école des Nabis proche de Gauguin et de l'école de Pont Aven.
On y trouve sur le chevet du chœur une peinture murale datée de la fin du XIIIème ou début du XIVème siècle représentant la décollation de Saint Jean Baptiste. C'est la première peinture du XIVème siècle connue dans la région, faisant la transition entre la fresque des Allinges (Xième siècle) et les importants vestiges du Xvème siècle d'Abondance et d'Annecy.
Les églises du XXème siècle :