En 1439, sous le règne d'Amédée VIII, premier duc de Savoie, l'église paroissiale devient chapelle papale, lorsque celui-ci est désigné Pape par le concile de Bâle.

Durant l'invasion bernoise en 1536, les protestants l'utiliseront comme temple.

En 1594, François de Sales ramène le Chablais à la foi catholique , et il y célèbre la messe de Noël en 1598.

Devenu temple de la raison durant la révolution, Saint-Hippolyte retournera au culte catholique au début du XIXème siècle, et sera classée monument historique cent ans plus tard, en 1909.

Entièrement remaniée à la fin du XVIIème siècle, l'église est pourvue d'un remarquable décor baroque. Cette ornementation fut entreprise par le Révérend Louis Gillette, Préfet de la Sainte Maison, et terminée par son successeur, le Révérend Joseph-Marie de Rossillon de Bernex.

La voûte, abondamment stuquée dans le style italien, est l'œuvre des stucateurs tessinois B. Pandolph et J.F. Silva. Les deux fresques de la façade extérieure représentent St Philippe Neri, à gauche et St Maurice d'Agaune, à droite.

• En décembre 1937, la voûte, côté tribune, est nettoyée, brossée et les badigeons sont raccordés.
• En avril 1942 la moitié de la voûte est nettoyée.
• En 1943, le nettoyage est terminé et les compartiments des voûtes reçoivent l'application d'un badigeon teinté bleu.
• En 1947, l'architecte en chef DUPUPET, fait mettre à jour des fresques dans les tympans de la nef qui avaient disparues sous des couches de badigeon.
• Vers 1960 : restauration de la crypte.
• 1972 : projet de remise en état de la couverture par l'Architecte en Chef des Monuments Historiques Yves BOIRET.
• 1973 : remise en état de la couverture sous la direction de J.-G. MORTAMET.
• 1991 : remplacement du parquet par les services techniques Ville.

Travaux récents de l'église Saint-Hippolyte :

Pour la restauration de l'église Saint-Hippolyte, préparée en 1992 par une étude de l'Architecte des Bâtiments Historiques, la Direction Régionale des Affaires Culturelles (DRAC) a donc procédé à un découpage de l'opération en plusieurs phases :

• Phase I : Travaux préalables et enduits de façades. Ces travaux se sont achevés en 2000.

• Phase II : Travaux de restauration intérieure
• Tranche I : restauration des décors 1ère tranche. Il s'agit de la restauration du chœur et de l'avant chœur. Ces travaux se sont achevés en 2002.
• Tranche II : restauration des décors et sa crypte. C'est durant cette tranche de travaux que des découvertes particulièrement rares et intéressantes ont été mises à jour sur les décors peints et gypseries : notamment les médaillons de peinture et les stucs rehaussés à la mine de plomb que les restaurateurs datent de la fin du XVIème siècle et qui sont les peintures d'origine. C'est pourquoi, le financement prévu initialement ne suffisant pas à mener la restauration telle qu'elle devait l'être, le chantier a alors été interrompu afin de redéfinir un nouveau cahier des charges tenant compte des découvertes.
• Tranche III : restauration des sols. Ces travaux ont été achevés courant 2003.

Restauration des décors peints et gypseries
Dégagement intégral des décors peints de la voûte (médaillons)
Ces travaux ont été achevés fin 2003.

Restauration des décors peints : dégagement des stucs de manière très poussée ce qui a pour effet de retrouver tous les réhauts à la mine de plomb.
Ces travaux ont été achevés fin 2004.

La Commune souhaite poursuivre la restauration de l'église rapidement, afin de l'ouvrir à nouveau au public.