En matière de petite enfance, la Ville propose aux parents différents modes de garde adaptés à leurs besoins. Trois structures municipales sont à la disposition des familles thononaises.

La commune veille aussi au bon fonctionnement de l'ensemble des écoles maternelles et élémentaires, plus de deux mille enfants y sont scolarisés. Elle assure l'entretien des bâtiments, la restauration scolaire et l'organisation des activités périscolaires.

Enfin, la Ville organise, par le biais du service Politique de la Ville, des maisons de quartier et du centre social interquartier de Vongy, de nombreuses activités pour les jeunes tout au long de l'année.